Bij auto-immuunziekten zoals alopecia areata valt het immuunsysteem de haarzakjes aan, wat leidt tot haaruitval. Andere auto-immuunziekten die haarverlies kunnen veroorzaken, zijn lupus en psoriasis. Het lichaam ziet de haarzakjes als vreemde indringers en vernietigt ze, wat resulteert in kaalheid.